Die Evangelische Domschule Sankt Martin ist eine freie, evangelische Ganztagsgrundschule und steht jedem Kind offen. Sie wird getragen vom Engagement seiner Lehrerinnen und Lehrer, Eltern und Vereinsmitglieder. Gegründet wurde sie im Jahr 2000 durch den Verein Evangelisches Schulprojekt Burgenlandkreis e.V. und startete ein Jahr später mit elf Schülerinnen und Schülern in das erste Schuljahr.

In den ersten Jahren hatte die Schule ihr Zuhause in Kleinjena, doch schon 2007 folgte der Umzug in die Bischofskurie am Domplatz, die von den Vereinigten Domstifter zu Merseburg und Naumburg sowie dem Kollegiatstifts Zeitz dem Verein in Erbbaupacht überlassen wurde. Die Sanierung zum heutigen Schulstandort stemmte der Verein mithilfe von Spenden und Landesmitteln. Die staatliche Anerkennung durch das Kultusministerium von Sachsen-Anhalt erhielt die Domschule Sankt Martin bereits 2004.